Samuel Busson - doctorant écologue au CEREMA

👨‍🔬 « Sur le projet précédent, on a dû s'appuyer sur les collègues informaticiens pour avaler les données. Ça marche, mais c'est imbuvable à transmettre. Mes prochaines campagnes seront sur des PR Teensy, et je veux un outil propre qui va avec. »

Identité

Affiliation	CEREMA (équipe Climat & Territoires de demain, Département Territoire Ville et Bâtiment, Groupe Territoire), site d'Aix-en-Provence
Statut	Doctorant au CEREMA
Sujet de thèse	Effet de l'éclairage public LED sur l'activité acoustique des chiroptères, et en particulier influence de la visibilité des sources lumineuses sur l'activité des chauves-souris et des insectes volants
Contact	samuel.busson@cerema.fr

Positionnement dans la SAE

🎯 Samuel est le client réel. C'est lui qui exprime le besoin, c'est lui qui réceptionnera votre démonstration en phase 2, c'est sur sa connaissance du terrain et du pipeline que repose la pertinence de l'application.

Samuel n'est pas naturaliste amateur : c'est un chercheur qui a vécu de l'intérieur le manque d'outillage de la communauté acoustique chiroptères. Son avis qualitatif sur votre application pèse autant que la note technique de l'équipe pédagogique.

Ce qu'il a déjà fait (campagne précédente, autre projet)

Une précédente campagne expérimentale (liée à un autre projet que sa thèse en cours) s'appuie sur un protocole BACIP (Before-After Control-Impact Paired) déployé sur 13 secteurs de Seine-et-Marne, chaque secteur comportant 3 sites (Dark / LED Neutre 3000K / LED Ambre 1800K). Quatre nuits d'enregistrement par site et par campagne, deux saisons (avant/après l'installation des nouveaux luminaires). Captation simultanée des trois sites avec des AudioMoth, identification automatique des espèces via Tadarida, validation manuelle des observations à fort enjeu, modèles linéaires généralisés mixtes pour l'analyse.

Premiers résultats publiés en 2025 :

• 34 759 contacts chiroptères longue portée (Nyctalus, Eptesicus, Tadarida)
• 525 399 contacts chiroptères moyenne portée (Pipistrellus, Miniopterus, Hypsugo)
• Conclusion partielle : pas d'effet significatif du CCT sur l'activité globale, en accord avec la littérature récente

Pour avaler ce volume de données, Samuel a développé avec ses collègues informaticiens des scripts R / Bash de pré-traitement, de renommage et de croisement avec les CSV Tadarida. Ces scripts marchent, mais sont impossibles à transmettre à un autre chercheur sans plusieurs jours d'onboarding. C'est précisément ce manque d'outillage utilisable, partageable et durable que la SAE doit combler.

Ce qu'il s'apprête à faire (futur protocole)

Pour ses futures campagnes, Samuel a choisi le projet Passive Recorder Teensy (PiBatRecorderProjects/TeensyRecorders) pour trois raisons :

• Qualité : sensibilité, dynamique audio et stabilité des paramètres d'acquisition supérieures à ce qu'il a pu obtenir avec ses précédents capteurs.
• Ouverture : firmware open-source, schémas électroniques publics, format de sortie documenté - condition sine qua non de la reproductibilité scientifique et de l'évolution à long terme du matériel.
• Accessibilité : coût modéré, assemblage à la portée d'un laboratoire ou d'une association naturaliste, communauté active autour de framagit.

L'écosystème logiciel autour du PR est en revanche encore rudimentaire : pas d'outil de validation des observations VigieChiro, pas d'IHM de suivi de campagne, pas de moyen propre d'exporter aux formats attendus. C'est là que votre application intervient.

💡 Pour vivre concrètement ce que Samuel et ses collègues vont vivre sur PR Teensy, vous assemblerez votre propre PR au démarrage du projet (cf. Présentation du projet). Vous mesurerez ainsi en quelques heures la richesse, la complexité et le volume du flux de données acoustiques.

Compétences techniques

• Maîtrise : R, Python, Bash, Git, SQL, Linux, traitement du signal acoustique, modèles statistiques mixtes, GIS / QGIS.
• Préfère éviter : développer ses propres GUI (« je préfère un bon script à une mauvaise interface »).

Ce qu'il attend de l'application

⚠️ Cette liste a été reconstituée à partir du profil de Samuel et de sa publication 2025. Elle sera précisée lors d'un échange direct avec lui en début de SAE.

• Un format d'export propre, documenté, reproductible : si on relance l'export, on doit obtenir le même fichier au bit près.
• L'intégrité totale des annotations : aucune action de l'application ne doit modifier ou écraser les validations sans consentement explicite.
• Pouvoir annoter une session avec un commentaire libre suffisamment long (méthodo, anomalie matérielle, conditions du site - dimming, météo, lune).
• Pouvoir tagger ses sessions par couple site × condition (Site07_Controle, Site07_LED3000K, Site07_LED1800K) pour retrouver les paires expérimentales en un coup d'œil.
• Que la base de données soit lisible et requêtable par-dessus l'application (la base SQLite peut être ouverte par un client externe pour les analyses R).
• Pas d'auto-update, pas de télémétrie, pas d'envoi de rapports d'erreur sans demander.

Ce qui le décourage

• Les outils qui s'imposent comme autorité unique sur les données (« propriétaire » du fichier).
• Les changements de format silencieux entre versions.
• Les bases de données opaques où il ne peut pas faire un SELECT sans passer par l'IHM.
• Les modales bloquantes qui interrompent son flux de travail.

Métriques de succès

• L'application permet de scripter une partie du flux (import en CLI, export en CLI) tout en utilisant l'IHM pour la validation manuelle.
• La base SQLite reste interrogeable depuis R / DBeaver sans que l'application ne s'en plaigne.
• Le format d'export est stable et documenté : reproductible à plusieurs mois d'écart.
• À la soutenance, Samuel donne un avis qualitatif positif - prêt à recommander l'outil à ses collègues qui passeront sur PR Teensy.